溶解性是使用多肽時比較重要的問題。每個氨基酸都有其固有化學(xué)特性。如亮氨酸Leu、異亮氨酸Ile、頡氨酸Val是疏水性的，其他氨基酸如賴氨酸Lys、組氨酸His、精氨酸Arg是堿性親水的，再如谷氨酸Glu、天冬氨酸Asp是酸性親水的。因此不同的多肽因其組成不同而具有不同的溶解性。
一般情況下，多肽首先選擇溶解在滅菌的蒸餾水或去離子水中。因?yàn)槎嚯娜芤嚎赡苡龅郊?xì)菌降解。為避免該現(xiàn)象的發(fā)生, 多肽應(yīng)溶解在無菌的蒸餾水中, 或者用 0.45 或 0.2 μm 孔徑的濾膜過濾除菌 (如果條件允許則用無氧水)。建議先用少量肽來試驗(yàn)最適溶解方法，只有當(dāng)多肽完全溶解后，才能加入溶液并將之稀釋至最終濃度。即先溶解，后加入緩沖液。注意：總是將多肽加入到適當(dāng)溶劑中攪拌，而不能采用其它方式。
如果這個肽是不溶于水的，且其是酸性的，加入溫和的堿如0.1%的NH3.H2O能夠增加肽的溶解度。相反，對于堿性的肽，溫和的酸如0.1%的醋酸或TFA(三氟乙酸)能夠幫助多肽溶解。
某些肽具有很高的疏水性時，不易溶解，可以用少量的DMF或DMSO幫助其溶解，這時推薦將多肽溶解于少量純有機(jī)溶劑，然后用水或緩沖液將其稀釋到正常的工作濃度。因?yàn)辂}會導(dǎo)致疏水性多肽的聚合，所以必須在多肽完全溶解后加入緩沖液進(jìn)一步稀釋。當(dāng)您遇到這種情況時，請您注意以下幾點(diǎn)說明：
a. DMF或DMSO的使用有助于多肽的溶解，這是通過破壞多肽的二級結(jié)構(gòu)而助溶。
b. 這種試劑的使用可能會對其生物活性及后續(xù)的研究工作造成干擾，請您在溶解時考慮此問題。
疏水性多肽可以很容易地溶解在DMSO中。但DMSO可增加細(xì)胞的通透性，若多肽溶解于DMSO中則會對細(xì)胞產(chǎn)生毒性作用。高濃度的DMSO絕不可應(yīng)用于細(xì)胞培養(yǎng)中。濃度為5%的DMSO即可讓細(xì)胞膜溶解。大多數(shù)細(xì)胞株可以容忍0.5% DMSO，少許可以容忍1%的濃度，而不表現(xiàn)出嚴(yán)重的細(xì)胞毒性。然而原代細(xì)胞培養(yǎng)對其更敏感。所以如果是用原代細(xì)胞做劑量/反應(yīng)曲線(可行性)，其濃度應(yīng)低于0.1%。
經(jīng)驗(yàn):
對幾乎所有的細(xì)胞來說，濃度為0.1%DMSO是安全的。
廣泛被用于細(xì)胞培養(yǎng)的DMSO終濃度為0.5%，不會引起細(xì)胞毒性。
雖然對部份細(xì)胞來說，1%DMSO也不會產(chǎn)生細(xì)胞毒性，但我們推薦0.5%。
也有5%DMSO成功地應(yīng)用于某些細(xì)胞的案例。
始終保持終濃度在0.5%，但儲存時可200倍高濃度溶于100%的DMSO中。
